El aporte de la Filosofía a la Escuela Nacional Preparatoria (ENP) es un hecho indiscutible. Desde su fundación esta disciplina orientó las decisiones sobre la perspectiva educativa a seguir: en un inicio el Positivismo como el eje transversal de toda la currícula marcó una ruptura con la visión escolástica por lo que se conservarían asignaturas lejos de la metafísica, como Lógica en la que se enseñó los cánones de Stuart Mill y se dejaron a un lado los silogismos categóricos (aunque después se retomarían), también se enseñó Filosofía de la naturaleza. El papel de la Filosofía en la ENP ha sido como el telón de fondo desde el cual se generaron los cambios tanto en la misión como en la visión de esta institución. 

Otro ejemplo del rol fundamental de la filosofía en la toma de decisiones educativas (incluso políticas) sucedió a principios del Siglo XX el Ateneo de la juventud, grupo de estudiantes de la ENP con una visión humanista, que modeló los cambios tanto en el modelo como en el mapa curricular, así como a la misma educación pública nacional, y contribuyeron a la organización de los estudios superiores de la futura Universidad. La formación que provee el Colegio de Filosofía es fundamental porque proporciona una amplitud de horizontes, una manera distinta de mirar el mundo, provee a las y los estudiantes de herramientas intelectuales para fomentar el pensamiento analítico y crítico a través del cuestionamiento y la problematización. Además, potencia las actitudes morales para ofrecer vías de solución a diversos problemas tanto del  mundo de la ciencia como de la vida cotidiana desde una perspectiva más integral.

En la actualidad, el Colegio imparte cinco asignaturas, tres obligatorias: Lógica para el primer año; Ética para el segundo; Historia de las Doctrinas Filosóficas para el tercero; y dos optativas también para este grado: Estética y Pensamiento Filosófico en México.